Constituidas como Comités de Corfo, esta figura otorga a las Agencias un marco institucional liviano y flexible, que permite las distintas manifestaciones de la realidad de cada región. Cada Agencia es liderada por un Consejo Estratégico, presidido por el Intendente o Intendenta, e integrado por representantes locales del gobierno, de instituciones de fomento y del ámbito privado.

Para la realización de sus tareas, se ha dispuesto que cada Agencia cuente con una Dirección Ejecutiva y un equipo de apoyo, reducido pero de alto nivel técnico, seleccionado de acuerdo a criterios de capacidad y experiencia. Asimismo, las Agencias están facultadas para establecer oficinas provinciales y puntos de acceso locales, cuya función es canalizar y acercar la oferta de fomento productivo a la comunidad.  Existe una Agencia Regional de Desarrollo productivo en cada región del país. En las futuras regiones de Arica-Parinacota y De Los Ríos, también existirá una Agencia.